Determination of microbial identification, distribution and treatment mechanism is quite difficult in complex
environmental samples with traditional identification methods. Therefore, research in the field of microbial
ecology in recent years, new molecular techniques has been developed for this purpose. Among these
techniques, cloning and the creation of a gene library, denaturant gradient gel electrophoresis (DGGE) and
fluorescent in situ hybridization with DNA probes (FISH) stand out. The application of these molecular
methods for the detection of microorganisms in treatment systems is an important step for understanding their roles in the ecosystem.

Geleneksel yöntemlerle karışık türler içeren ortamlardaki (su, atıksu ve çamur v.b) mikrobiyal dağılımın belirlenmesi ve arıtma mekanizmasının anlaşılması oldukça güçtür. Çünkü bu ortamlardan saf kültürler elde etmek zor ve uzun zaman gerektiren süreçlerdir. Bu amaçla, son yıllarda mikrobiyal ekoloji alanındaki araştırmalarla birlikte yeni moleküler teknikler geliştirilmiştir. Bu teknikler arasında, klonlama ve gen kütüphanesi oluşturma, denatürleyici kadameli jel elektroforezi (DGGE) ve DNA problarıyla floresan yerinde hibritleşme (FISH) gibi moleküler yöntemler ön plana çıkmıştır. Bu yöntemlerin ortaya çıkması ile arıtma sistemlerinde yer alan mikroorganizmaların tespiti ve ekosistemdeki rollerinin anlaşılması için önemli bir adım atılmıştır.